Контактные методы обладают различными достоинствами, однако все они имеют недостаток, который в некоторых случаях является существенным. Речь идет о нахождении зонда АСМ в постоянном контакте с поверхностью. Такое взаимодействие может приводить к изменению рельефа поверхности или даже к поломке зонда.